第13回ガンダムファイト決勝大会開会式を前に新生シャッフル同盟となったドモン達は他のガンダムファイター達から代替わりの意図を問われ、答えに窮する。答えが出ないまま、マスター・アジアとドモンの演武とともに決勝大会の開会が宣言された。そこへ謎の五体のガンダムが現れ、《ダーク・シャッフル》と名乗るのだった……。

サバイバル・イレブンの中で起きた兄弟の物語。

地上に落ちたデビルガンダムが世界中で猛威を振るうも、その情報は隠されていた。ＤＧサインを辿ってネオジャパンのドモンとレインは古都キョウトへ到着する。そこで目にしたのは二度に渡る激戦によって出来た戦場の痕であった。デビルガンダムと東方不敗によってその中心で出会うこととなった二人の兄は……。

全人類を未曽有の恐怖に陥れたＤＧ事件から12年。地球の各地を汚染したＤＧダストを除去するためにガンダムファイトは中止されていた。マスター・アジアの忘れ形見であるマスター・ジュニアは、新宿シティで偶然知り合った巨大なソロバンを背負う少女エイチと出会い、流派東方不敗の奥義を記した秘宝《東方の珠》の行方を捜すためにドモン・カッシュを求めて二人はある地を目指すのだった…。